La Unidad de Microbiología se encarga de la identificación y cuantificación de la carga microbiana (microorganismos) para evaluar la calidad higiénico-sanitaria, tanto de los productos alimenticios, como de productos no alimenticios como cosméticos, artículos de puericultura y otros.
Realiza el Estudio de la calidad microbiológica de las muestras recibidas en el laboratorio, incluyendo el análisis de microorganismos patógenos como Salmonella spp, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus o Candida albicans .
En otra vertiente también se encarga de la detección y/o cuantificación de posibles alérgenos alimentarios como gluten, ovoalbúmina, β-lactoglobulina y caseína.